3時間以上 mikuter_gtk の userlist と格闘して、試行錯誤ン10回の末に Box + InnerUserList + Scrollbar の代わりに ScrolledWindow + InnerUserList を使えばウインドウ無限拡大せずにちゃんとスクロールできる（ついでに横スクロールもできる）ようになった。疲れた……。
元の Scrollbar が GTK3 で動きが変わった理由がさっぱりわからないけど、それを調べるのは不毛だわな