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あーなるほど、
1)union bootが未初期化になってる
2)/* create the image file if needed */ if (create) PWRITES(&boot.characters)で最終セクタを書く（多分これでセクタ数分のディスクイメージを確保する）
3)FATに必要なデータはシークしてその箇所へ埋めてく

なので、最初に初期化すべきものをちゃんと初期化して、おしまい。